Fue médico cirujano, científico, catedrático y rector de la Universidad de Caracas, además de político, escritor y presidente de Venezuela. Su presidencia es recordada como la primera ejercida por un civil y opositor al gobierno anterior. En ese sentido se aspiró a reforzar la institucionalidad del país a través de un hombre no proveniente del mundo militar.
Hijo de José Antonio de Vargas Machuca y Ana Teresa Ponce. En 1798, ingresó en la Universidad Real y Pontificia de Caracas, graduándose de bachiller en filosofía el 11 de julio de 1803. Obtuvo sus grados de bachiller, licenciado y doctor en medicina en el año de 1808.
Estudiante de Medicina
Al terminar sus estudios médicos se trasladó a Cumaná, donde vivió hasta 1812; lapso en el que se incorporó al Supremo Poder Legislativo de Cumaná (1811) en el contexto del movimiento independentista venezolano. Cuando ocurrió el terremoto del 26 de marzo de 1812, Vargas quien se encontraba en La Guaira, prestó destacados servicios como médico y hombre público a la comunidad de su ciudad natal. Después de su destacada participación tras los sucesos del terremoto de 1812, Vargas regresó a Cumaná para dedicarse a sus labores médicas. Al llegar el jefe realista, Juan Francisco Javier Cervériz, a Cumaná, redujo a prisión a todos los que habían formado parte del Poder Legislativo, incluyendo a Vargas quien fue enviado a las bóvedas de La Guaira donde permaneció hasta comienzos de 1813 cuando fue liberado. A fines de ese año se embarcó con destino a Europa, con el propósito de perfeccionar sus conocimientos médicos y quirúrgicos en Edimburgo. En tal sentido, durante este tiempo cursó estudios de cirugía, química, botánica, anatomía y odontología. Asimismo, en esta época fue incorporado en Londres como miembro del Real Colegio de Cirujanos.
De regreso al continente americano en 1819, se estableció en la isla de Puerto Rico, ya que en este lugar se encontraban refugiados sus hermanos y su madre, quienes habían huido de la cruenta guerra de Independencia venezolana. En Puerto Rico desarrolló una importante labor profesional y científica, escribiendo numerosos trabajos y colaborando además con la Junta de Sanidad de la isla. En 1825, decidió regresar y establecerse en Venezuela de manera definitiva. Desde su llegada se dedicó de inmediato al ejercicio de su profesión, incorporándose además a la Universidad de Caracas como profesor de Anatomía. En 1827, después de la reorganización de dicha universidad por el Libertador, fue electo rector el primer médico en ese cargo, como ya lo permitían los nuevos estatutos. Es a partir de esta época, cuando Vargas recibió el reconocimiento y el respeto de diversos sectores de la sociedad caraqueña, debido a su exitosa labor administrativa, gracias a la cual consiguió poner al día las cuentas de la universidad. Por otra parte, además de sanear las rentas de la universidad, se dedicó a reorganizar las diversas facultades, crear nuevas cátedras, a las reparaciones físicas de los salones, a la organización de bibliotecas, y a relacionar la universidad con otros planteles. En consecuencia, al término de su desempeño como rector, la universidad se convirtió en un modelo de eficacia administrativa y en un prestigioso centro de estudios.
Como profesor de anatomía, inauguró las disecciones de cadáveres, procedimiento que era sumamente novedoso para la época, lo que le confirió extraordinaria reputación como docente. En 1827 fundó la Sociedad Médica de Caracas, con la cual se comenzaron a practicar reuniones científicas en el país. Durante este período desarrolló además una amplia labor de investigación en el área botánica, que le llevó a establecer relaciones con hombres notables de esta ciencia en el mundo entero. Como ejemplo de esta circunstancia, tenemos que De Candolle, uno de los más grandes botánicos de la época, bautizó algunas plantas con el nombre de «Vargasia» en homenaje a los trabajos realizados en la materia por Vargas. En 1829, al ser fundada en Caracas la Sociedad Económica de Amigos del País, Vargas fue designado su primer director. Una vez concluido su rectorado, Vargas se dedicó de lleno a la instrucción, fundando en 1832 la cátedra de Cirugía. Por otra parte, simultáneamente con sus actividades científicas y educativas, Vargas tomó parte en las actividades políticas, asistiendo al Congreso Constituyente de 1830, donde desplegó una gran actividad en las comisiones de trabajo, en las sesiones plenarias y en muchas oportunidades salvó su voto al estar en desacuerdo con algunos planteamientos del Libertador, lo que no obstante, no le impidió ser nombrado ese mismo año como albacea testamentario de Bolívar.
